En talesperson för polisen säger att bussen attackerades i staden Gllogjan, omkring 90 kilometer väster om huvudstaden Pristina vid 19-tiden, lokal tid. Föraren dödades omedelbart och tre tonåringar fördes till sjukhuset, där två av dem avled. Sjukhuset uppger att den tredje tonåringens hälsotillstånd är stabilt.
Sammanlagt fanns åtta tonåringar på bussen. Polisen har ännu inte presenterat ett möjligt motiv till händelsen, men uppger att det inte finns någonting som tyder på en terrorattack.
President Vjosa Osmani uppmanar polisen att hitta den skyldige så snart som möjligt.
"Attacken mot elevernas buss är ett slag mot den allmänna ordningen och säkerheten. Medborgarnas säkerhet är prioriterad och vi ska inte undandra oss från att säkerställa den", skriver Osmani på Facebook.