Minst sju människor skadades, de flesta av dem poliser, vid operationen som var riktad mot smuggelgods.
Räden genomfördes i fyra områden, bland dem Mitrovica i norr som mestadels bebos av etniska serber. Enligt polisens rapport samlades kriminella grupper och blockerade vägar, beväpnade med bland annat stenar och handgranater, och attackerade poliser och tulltjänstemän.
Åtta kosovoserber har gripits, enligt polisen.
Serbiens premiärminister Ana Brnabić har krävt att det internationella samfundet, inklusive Nato och fredsstyrkan KFOR, agerar snabbt för att återställa lugnet och förebygga "utökat kaos".