Mötet har sammankallats för att hitta sätt att medla i striderna i den centralafrikanska nationen.
Rebellrörelsen känd som M23 har tagit kontroll över territorier i de mineralrika östra delarna av Kongo-Kinshasa. Strider har fortsatt, trots utplacering av en EAC-styrka i november.
Statscheferna i EAC kräver en "omedelbar vapenvila från alla parter" och att alla väpnade grupper, inklusive utländska, ska dras tillbaka, enligt uttalandet efter mötet.
Armécheferna ska träffas inom en vecka för att fastställa en tidplan för tillbakadragandet.
Vid mötet deltog bland annat Rwandas president Paul Kagame. Rwanda har anklagats av FN för att förse M23 med vapen och ammunition i en konflikt som har tvingat många kongoleser att fly från sina hem och förvärrat spänningarna i regionen.