Farkosten återfanns på mer än 800 meters djup, tidiga signaler från havets botten bekräftades visuellt av en räddningsubåt från Singapore under söndagsmorgonen.
Det fanns inte längre något hopp om att hitta några överlevare och myndigheterna slår nu fast att alla besättningsmedlemmar är döda.
Fartyg, flygplan och hundratals militärer har deltagit i sökandet sedan KRI Nanggala försvann under en övning i onsdags. Sedan dess har flera fynd gjorts i havet, bland annat föremål som funnits inne i ubåten.
Myndigheterna har varnat för att en bärgningsinsats kan vara såväl farlig som komplicerad på grund av att havet är så djupt där farkosten försvann.
Indonesiens president Joko Widodo har framfört sina kondoleanser till offrens familjer.
"Alla indoneser uttrycker vår djupa sorg över denna tragedi, särskilt till de besättningsmedlemmarnas familjer", säger han i ett uttalande.
Röster höjs nu för att modernisera landets flotta, KRI Nanggala byggdes för 44 år sedan.
– Det här kan bli en läxa för regeringen att förbättra den militära teknologin och vara försiktig med hur man använder den redan existerande, människors liv står på spel, säger 29-åriga Hein Ferdy Sentoso från Banyuwangi varifrån räddningsaktionen har utgått.