I stället fick de gå ombord på ett hyrt turistfartyg som ligger precis utanför landets territorialvatten.
Räddningsaktionen skedde på fredagsmorgonen och under eftermiddagen fördes migranterna till turistfartyget. Sedan tidigare ligger där redan två hyrda turistbåtar med 160 migranter ombord.
Regeringen har vägrat att låta dem komma i land och säger att andra EU-länder inte har hållit sina löften om att ta emot migranter som redan befinner sig i Malta. Premiärminister Robert Abela har även sagt till EU att när landets flygplats och hamnar har stängt för turister kommer de inte att öppna för migranter.
Malta har kritiserats och människorättsorganisationen Human Rights Watch anklagar Malta för att hålla migranter som "fångar".
Av de som räddades på fredagen har 19 personer förts i land av humanitära skäl.