Insatsen i Mali och Sahel-regionen, som går under namnet operation Barkhane, ska i stället ersättas av en internationell insats som Frankrike kommer att delta i.
Men den franska närvaron i regionen kommer att genomgå omfattande förändringar, enligt Macron, som bland annat motiverar beslutet med att det inte går att fortsätta arbeta med regeringar som samtidigt förhandlar med väpnade islamistgrupper.
– Radikal islamism i Mali med våra soldater där? Aldrig, sade den franska presidenten till Journal du Dimanche i maj, efter militärkuppen i landet.
Reagerar på militärkuppen
Det västafrikanska samarbetsorganet Ecowas beslut att erkänna översten, tillika kuppledaren, Assimi Goïta som president efter den andra statskuppen på mindre än ett år kritiseras av Macron, som säger att det "skapar dålig rättspraxis för afrikaner". Ecowas, som först uteslöt Mali ur organisationen, erbjöd nyligen stöd till Goïtas andra övergångsregering.
Frankrikes långvariga närvaro i landet kan inte ersätta politisk stabilitet, konstaterar presidenten.
Fler detaljer kommer i slutet av juni, lovar Macron, enligt nyhetsbyrån AFP. Men redan nu vädjar han om att USA ska bidra och förstärka den internationella styrka som nu planeras.
Ber USA om hjälp
Frankrike har omkring 5 100 soldater utposterade i de fem Sahel-länderna Burkina Faso, Tchad, Mali, Mauretanien och Niger. Sverige deltar med 150 soldater i den internationella styrkan Task Force Takuba, som är en del av Barkhane.
TT har sökt försvarsminister Peter Hultqvist (S), som avstår från att kommentera Macrons uttalanden.