Ceremonin ägde rum i huvudstaden Bamako.
I slutet av maj ledde Goïta en kupp som ledde till att landets övergångspresident Bah Ndaw och premiärminister Moctar Ouane greps och pressades till att avgå. I augusti i fjol ledde han en annan militärkupp som störtade den folkvalde presidenten Ibrahim Boubacar Keïta, efter en period av massprotester mot korruption och säkerhetsläget.
Afrikanska unionen (AU) har uteslutit Mali efter kuppen och hotat med sanktioner om inte en civil regering återupprättas snabbt.