Attacken var ett svar på beskjutning från syrisk mark mot israeliska posteringar på Golanhöjderna, uppger landets militär.
Ett antal mål i al-Qunaytra (Quneitra), inte långt från Golanhöjderna, förstördes av israeliska attackhelikoptrar, bland annat observationsutposter. Inga personer ska ha dödats i anfallet.
Israelisk militär har de senaste dagarna förstärkt sin närvaro vid landets norra gräns. Enligt israelisk media är det ett svar på ett ökat hot från libanesiska shiarörelsen Hizbollah i såväl Libanon som Syrien.
I måndags dog fem medlemmar ur milisgrupper som strider på den syriska regimens sida, efter en israelisk robotattack, uppger det oppositionella Syriska människorättsobservatoriet (SOHR).
Israel har under kriget i Syrien utfört hundratals anfall i landet.