Ubåten, som sjönk i april, återfanns på mer än 800 meters djup och hade knäckts i flera delar.
Kinesiska räddningsfartyg har skickats dit för att hjälpa till att bärga ubåten. Men på onsdagen meddelade den indonesiska flottan att arbetet avbryts.
Beslutet innebär att de omkomna besättningsmedlemmarnas kroppar inte kommer att bärgas.
Ubåten skulle genomföra en torpedövning utanför Balis kust, när den bad om tillstånd att dyka och kort därefter tappade kontakten med omvärlden.
Olycksorsaken är ännu inte känd.