Bland de gripna finns bland andra ledarna för två oppositionspartier, uppger åklagare enligt nyhetsbyrån AFP. De riskerar upp till 10 års fängelse om de befinns skyldiga.
Uppgifterna om gripandena kommer bara några timmar före nya planerade demonstrationer i huvudstaden Jerevan mot det av Ryssland framförhandlade avtalet.
Under oroligheterna i tisdags stormades bland annat regeringsbyggnader och på onsdagen demonstrerade tusentals med krav på Pasjinjans avgång.
Förlorat territorium
Kritikerna i Armenien anser att villkoren i avtalet är oacceptabla. Armeniska styrkor har kontrollerat utbrytarregionen Nagorno-Karabach – som formellt tillhör Azerbajdzjan men där majoriteten av befolkningen är etniska armenier – sedan i början av 1990-talet.
Men under de senaste sex veckornas strider har den azeriska militären intagit flera viktiga områden i och omkring enklaven, territorium som Azerbajdzjan får behålla kontrollen över enligt det nya avtalet.
Enligt Pasjinjan hade man inget annat val än att skriva under eftersom man annars riskerade ytterligare svidande förluster. Han har tagit på sig ansvaret för de militära bakslagen men avfärdar kraven från 17 oppositionspartier om att avgå.
Rysk trupp
Enligt avtalet ska vapenvilan bevakas av omkring 2 000 ryska soldater, som redan börjat anlända till den så kallade Lachinkorridoren, ett bergspass mellan Armenien och Nagorno-Karabach.
Ryssland stärker i och med sin roll som medlare och sin utökade militära närvaro sitt inflytande i regionen, som man ser som sin intressesfär. Även Turkiet har intressen i regionen och har blandat sig i konflikten genom stöd till Azerbajdzjan.
Ankara har inte varit med och förhandlat fram avtalet, men kommer delta i övervakandet av stilleståndet, enligt president Recep Tayyip Erdogan.