Gängbråken var svårast i anstalten i Cuenca i provinsen Azuay, men även säkerhetsfängelset i Guayaquil drabbades av dödligt våld.
Polis och militär har stationerats utanför fängelser i Guayaquil, Cuenca och Latacunga, där nya våldsamheter utbrutit mellan gäng. Många var beväpnade med hemmagjorda vapen.
Bråken härleds till en maktkamp inom fängelsesystemet i landet. Striden utbröt sedan ledaren för den då mäktigaste gruppen Los Choneros mördades i ett köpcentrum i december sedan han avtjänat sitt straff.
Alla som dödades i upploppen var fångar, enligt fängelsemyndigheten SNAI. Läget i anstalterna ansågs på onsdagen vara under kontroll.
President Lenín Moreno förklarade undantagstillstånd i landets fängelser 2019 efter flera svåra sammandrabbningar.
Ecuador har omkring 38 000 fångar i ett land med cirka 17 miljoner invånare.