Attacken inträffade i staden Damasak i torsdags. Enligt Edward Kallon, FN:s humanitäre koordinator i landet, var de drabbade människorna, även flera skadade, på marken medan helikoptern befann sig i luften.
"En helikopter från FN:s humanitära luftservice träffades av flera kulor under attacken. Inga hjälparbetare var ombord vid händelsen och alla besättningsmedlemmar är i säkerhet", säger Kallon enligt ett uttalande.
Helikoptern var i inflygning till Damasak men vände när den träffades och flög tillbaka 15 mil till regionhuvudstaden Maiduguri.
Lufttransporter är viktiga för att få ut förnödenheter till de cirka 7,8 miljoner hjälpbehövande i nordöstra Nigeria.
Den tioåriga konflikten mot jihadister i området har kostat cirka 36 000 människor livet och cirka två miljoner människor har tvingats på flykt.