Det konstaterar den domstol som inrättades för att utreda krigsbrott begångna av militärer och rebeller under det utdragna inbördeskriget med Farc-gerillan.
Dödstalet som domstolen presenterar är betydligt högre än tidigare uppskattningar. Fram till förra året hade åklagarmyndigheten bekräftat att 2 249 civila dödats av militären mellan 1988 och 2014.
Den högsta militärledningen har alltid förnekat att det satts i system att presentera dödade civila som dödsfall i strid.
Men en del soldater och befattningshavare har berättat för domstolen att de var pressade av överordnade att överdriva militärens framgångar mot gerillan.
Enligt domstolen har merparten av offren dödats i departementet Antioquia i nordvästra Colombia.