Misstanken är att sekten handlade med mänskliga organ i en välkoordinerad insats med flera personer inblandade, enligt rättsdokument som polis lämnat in till domstolen.
Utgrävningarna i närheten av kuststaden Malindi väntas fortsätta under tisdagen. Upptäckten av massgravarna i april har chockat Kenya, där en majoritet av befolkningen bekänner sig till den kristna tron.
Polisen tror att merparten av kvarlevorna i gravarna tillhör anhängare till den självutnämnde pastorn Paul Nthenge Mackenzie, som anklagas ha uppmanat sina följare att svälta sig för att "möta Jesus".
De flesta av de 112 döda som hittills hittats dog av svält, enligt myndigheterna, men vissa offer uppges ha kvävts, strypts eller misshandlats till döds.
Även en andra pastor, den välkände tv-predikanten Ezekiel Odoro, står åtalad i samma fall.
Kenyas president William Ruto har med anledning av sektmorden inlett en speciell insats i syfte att styra upp hur religiösa aktiviteter i Kenya regleras, utan att inkräkta på religionsfriheten.