Anledningen är kritikstormen efter att han bjudit in och hyllat en nazistveteran i samband med den ukrainske presidenten Volodymyr Zelenskyj besök i kammaren förra veckan.
Den 98-årige krigsveteranen fick en stående ovation efter det att Rota presenterat honom som en hjälte som kämpade för Ukraina under andra världskriget.
Talmannen bad tidigare i veckan om ursäkt för sitt agerande, men efter en lång debatt i parlamentet – där flera ledamöter krävt hans avgång – såg han ingen annan utväg än att lämna sin post.
– Det är med tungt hjärta jag informerar er om min avgång, sade han i parlamentet.