Enligt rapporten ska IAEA inte längre ha frågor gällande de uranpartiklar med en anrikningsgrad på 83,7 procent som organet meddelade att man hittat i slutet av februari.
En anrikningsgrad på 90 procent är vad som krävs för att kunna producera kärnvapen.
Utredarna har även stängt en utredning som rör spår av anrikat uran som hittats i Marivan, nära staden Abadeh, omkring 525 kilometer sydost om Teheran. Analytiker har upprepade gånger kopplat Marivan till Irans militära kärnkraftsprogram.
"Frågan är i detta skede inte längre anmärkningsvärd", heter det i rapporten och Iran ska ha tillhandahållit en "möjlig förklaring".
IAEA har tidigare rapporterat spår av radioaktivt material på tre platser som inte deklarerats av Iran.
Kärnenergiavtalet från 2015 begränsade Teherans uranlager till 300 kilogram och anrikningen till 3,67 procent.
IAEA:s senaste uppskattning från februari visade att Irans uranlager uppgick till cirka 3 760 kilogram och av det var 87,5 kilogram anrikat med en anrikningsgrad på 60 procent.