Grupperna har enligt USA legat bakom attacker mot amerikanska soldater.
USA:s attacker på tisdagen och onsdagen utfördes utan irakiska myndigheters vetskap, enligt regeringens talesperson Bassem al-Awadi, som säger att det handlar om kränkningar av landets suveränitet. Han kritiserar också de Iran-stödda grupperna som enligt USA har genomfört minst 32 attacker mot amerikanska mål i Irak sedan i mitten av oktober.
Åtta Iran-stödda milismän i Irak har dödats i USA:s attacker, enligt Hashed al-Shaabi, en paraplyorganisation för irakiska milisgrupper som står Iran nära.