Beskedet kommer efter ett utbrott med sex bekräftade nipavirusfall i distriktet Kozhikode som ledde till att två personer miste livet.
Dödligheten i nipaviruset är enligt WHO 40–75 procent och det finns inget vaccin. Utbrottet är det sjätte i Indien sedan 2001.
Det är okänt hur den första insjuknade personen smittades. De andra var den personens familj och vårdkontakter.
I slutet av september hade över 1 200 personer som varit i kontakt med de smittade spårats, bland andra högriskkontakter som nu hålls i karantän.
Viruset kan spridas från smittade djur, till exempel storfladdermöss eller grisar, till människor genom kontakter. Nipavirus kan också smittas mellan människor även om detta är mindre vanligt.
Viruset identifierades först 1998 då det spreds bland grisbönder i Malaysia.