– Den här domstolen kan inte stifta lag. Den kan bara tolka lagen och ge den effekt, säger huvuddomaren DY Chandrachud.
Han uppmanar regeringen att upprätthålla hbtq-rättigheterna och stoppa diskrimineringen.
– Domstolen har kommit fram till att jämställdhet kräver att queerförbund och queerpersoner inte diskrimineras.
Domen, som tas emot med besvikelse av människor som samlats utanför domstolen i New Delhi, slår fast att rätten till äktenskap för samkönade par inte garanteras av Indiens konstitution enligt dagens lagstiftning.
Premiärminister Narendra Modis regering har tidigare motsatt sig försök att legalisera samkönade äktenskap.
I rättsprocessen har fem HD-domare tagit ställning till 20 inlagor om att legalisera samkönade äktenskap i världens mest folkrika land. Chandrachud uppger att det har funnits grader av oenighet mellan de fem "om hur långt vi behöver gå" när det gäller samkönade äktenskap.
Hbtq-rättigheterna i Indien har förbättrats de senaste åren, i de flesta fall efter ingripanden från just Högsta domstolen.