Beslutet kommer efter det att Hongkongs styre krävt att taiwanesiska tjänstemän skriver under ett dokument till stöd för Pekings så kallade "Ett Kina"-policy, där Taiwan ingår som en del av folkrepubliken.
Enligt Rådet för fastlandsfrågor, den myndighet som handhar Taiwans kontakter med Kina, innehöll dokumentet även löftet att inte "göra eller säga något som underminerar Hongkongs stabilitet och välmående, eller som generar Hongkongs styre".
Endast lokal personal kommer att stanna kvar i Hongkong, enligt Taiwans ledande parti Demokratiska progressiva partiet (DPP).
Taiwan öppnade under fjolsommaren av humanitära skäl gränserna för Hongkongbor på flykt – något som retat upp Kina och gjort situationen mellan Peking och Taipei alltmer frostig.
Kina har föreslagit att samma princip som gäller mellan dem och Hongkong – "ett land, två system" – även ska gälla med Taiwan. Detta skulle, enligt Kina, garantera en viss frihet och autonomi från fastlandet, men samtliga stora partier i Taiwan har avvisat förslaget. Kommunistdiktaturen Kina anser att det demokratiska Taiwan, i praktiken en självstyrande stat, är en del av folkrepubliken och säger sig planera att någon gång återta ön – med militärt våld om så krävs.
I maj pausade Hongkong verksamheten vid sitt handelskontor i Taiwan, enligt utsago på grund av Taipeis "grova ingripanden" i Hongkongs inhemska angelägenheter – däribland dess erbjudande om att "hjälpa våldsamma demonstranter". Även Macao har stängt sitt handelskontor i Taipei.