Resultatet kommer några veckor innan man skulle ha förklarat att den dödliga och mycket smittsamma sjukdomen inte längre sprids i sedan tidigare drabbade östliga delar av landet.
Hälsominister Eteni Longondo säger att fyra personer redan har dött av ebola i regionen Mbandaka. Provresultat från det nationella institutet för biomedicinsk forskning bekräftar att dödsfallen orsakats av ebola.
– Vi skickar medicin och vaccin inom kort till regionen, säger Longondo som själv ska besöka området i slutet av veckan.
Mbandaka är provinshuvudstad i provinsen Équateur, miljonstaden är dessutom en viktig transportknut utefter Kongofloden.
– Provinsen har redan drabbats av ebola i maj och juli 2018, så den vet hur den ska agera, säger Longondo.
Ebolaepidemin har krävt omkring 2 300 liv i östra delen av landet sedan utbrottet augusti 2018.
Rättad: I en tidigare version angavs fel geografisk plats för ett av utbrotten.