De båda, i dag i 85-årsåldern, ska bland annat ha beordrat kidnappningar och massavrättningar mellan 1978 och 1982, då över 1 700 människor dödades i minst 31 massakrer i Quiché-departementet i norra Guatemala där många ur mayafolket bor.
En av de två, Manuel Benedicto Lucas García, var nummer tre i den militära hierarkin när det begav sig. Han är även bror till Romeo Lucas García, som var president i militärdiktaturen under de år som brotten ska ha begåtts. Den andre, Manuel Antonio Callejas, var ansvarig för den nationella underrättelsetjänsten.
De båda har sedan 2016 hållits i så kallad förebyggande internering i en militär sjukhusanläggning i Guatemalas huvudstad.
I juni åtalades sex andra tidigare militärer, misstänkta för att ha medverkat till att minst 183 personer försvann eller dödades under landets 36-åriga inbördeskrig.
Kriget, som slutade med ett fredsavtal 1996, tros ha kostat fler än 200 000 liv. Ytterligare 45 000 personer försvann.
Relativt få har prövats för de brott som begicks under kriget. En FN-stödd kommission har kommit fram till att armén låg bakom majoriteten av krigets grymheter.