Demonstrationen hade samlat anhängare till förbjudna gruppen Gyllene gryning, som dessutom inte tillåts hålla manifestationer.
Även andra grupper inom extremhögern mötte upp i protesten.
Våldsamheterna i den grekiska huvudstaden spreds under kvällen och natten i bland annat tunnelbanesystemet, trots en stor polisinsats.
Ett 40-tal personer greps av polis, och ett tiotal av dem ställdes inför en första rättslig förhandling på torsdagen.
Polis utreder samtidigt insatsen då anklagelser om polisbrutalitet spridits.
Högerprotesten samlades kring en minnesdag för två medlemmar i Gyllene gryning, ett parti med nynazistisk prägel, som sköts till döds för tio år sedan. Partiet satt i det grekiska parlamentet 212-2019, men förbjöds på grund kriminell aktivitet 2020.