Människorättsorganisationen har samlat vittnesmål från flyktingar som har sökt sig in i Europa via gränsen mellan Turkiet och Grekland, och en stor majoritet av de intervjuade uppger att de har utsatts för våld eller sett andra misshandlas med bland annat sparkar och batongslag.
Detta ska enligt Amnesty även ha drabbat flyktingar med asylstatus som levt i Grekland i över ett år.
– Det är uppenbart att flera delar av de grekiska myndigheterna samarbetar tätt för att med brutala medel gripa och frihetsberöva människor som söker säkerhet i Grekland, säger migrationsforskaren Adriana Tidona.
– Graden av samarbete som krävs för att genomföra dessa återföranden, som gäller uppemot ettusen människor i de händelser vi har dokumenterat, visar hur långt Grekland är villigt att gå för att på illegalt sätt föra tillbaka människor och dölja det.
Grekland förnekar att flyktingar tvingas tillbaka med våld. Premiärminister Kyriakos Mitsotakis sade till franska tv-kanalen France24 tidigare i juni att Grekland använder alla metoder man kan, så länge det hålls inom gränserna för mänskliga rättigheter.
– Men jag vill vara mycket tydlig med att det är vårt ansvar att försvara våra gränser, sade han också.
Amnestyrapporten bygger på vittnesuppgifter från 16 personer och 21 dokumenterade händelser som har drabbat omkring 1 000 personer mellan juni och december 2020.