Yogagurun anses vara den "andlige ledaren" för sekten som finns i tiotals länder. Han misstänks bland annat för människosmuggling, organiserad kidnappning och våldtäkt, rapporterar franska medier.
Han anklagas också för att ha indoktrinerat kvinnliga medlemmar till att utnyttjas sexuellt.
Den 71-årige gurun har varit i klammeri med rättvisan i Sverige, Frankrike och Rumänien flera gånger de senaste åren. Han har varit efterlyst av Interpol och har tidigare dömts till sex års fängelse i Rumänien för våldtäkt av en minderårig.
De andra 40 som gripits misstänks för att ha varit nyckelpersoner i sekten som anklagas för övergrepp, under täckmanteln att utöva yoga. Sekten driver flera yogaskolor och andra verksamheter.
Vid tillslagen på tisdagen genomfördes samtidigt i Paris, Seine-et-Marne, Val-de-Marne och Alpes-Maritimes deltog sammanlagt 175 poliser. Sektledaren själv greps enligt uppgifterna i Val-de Marne.
Vid tillslagen friades 26 kvinnor, av vilka flera hölls mot sin vilja, enligt källuppgifter till AFP.