Dussintals poliser, militärer, hundförare och helikoptrar hade då sökt igenom byggnader, fordon och terräng utan att hitta honom.
Pojken försvann i lördags från den lilla alpbyn Haut-Vernet, i sydöstra Frankrike. Byn, som bara har 25 invånare, ligger på 1 200 meters höjd och sökandet försvårades eftersom terrängen är kuperad och klippig. Det rinner också många bäckar genom den.
Redan under tisdagen hade utredare varnat för att barnets låga ålder i kombination med den intensiva värmebölja som drabbat regionen, med temperaturer på uppåt 35 grader de senaste dagarna, utgjorde livsfara för pojken.
När sökandet nu avslutas kommer utredarna att fokusera på att gå igenom och utvärdera bevis som samlats in.