Utbrotten har främst drabbat anläggningar med fjäderfän.
Ankor, kycklingar och kalkoner i 226 kommuner ska avlivas, och myndigheter beräknar att det slutliga dödstalet blir 1,3 miljoner fåglar. Beslutet gäller delar av regionerna Landes, Gers och Pyrénées-Atlantiques.
"Det kommer att ta omkring tre veckor att tömma området (på fåglarna)", meddelade jordbruksdepartementet.
Bönder och fågelfarmare kommer att ersättas för de avlivade fåglarna.
Flera länder i Europa har sett utbrott av fågelinfluensan H5N1 de senaste veckorna.