Initiativet till omröstningen togs av allierade till landets hårdföre president Rodrigo Duterte.
Även Pacquiao – som ses som en möjlig kandidat i nästa års presidentval – har länge varit en stark Duterteanhängare. Pacquiao har bland annat stöttat presidentens blodiga narkotikakrig och förslag om att återinföra dödsstraffet.
Men relationen mellan dem försämrades förra månaden sedan Pacquiao svingat mot Duterte i offentligheten. Bland annat ansåg Pacquiao att presidenten inte varit tillräckligt aggressiv mot Kina, som flyttat fram sina positioner i Sydkinesiska havet, samt hävdade att det fanns korruption i regeringen.
Duterte svarade med att kräva att Pacquiao skulle nämna de han anklagade vid namn.
– Gör det, för om du inte gör det så kommer jag att säga åt folket: "Rösta inte på Pacquiao för han är en lögnare", sade presidenten enligt filippinska nyhetssajten Rappler.
Den alltjämt aktive proffsboxaren Pacquiao – som för tillfället befinner sig i USA för att träna inför ännu en titelmatch – tillträdde som partiordförande i december. Han behåller sin post som senator.