Flera vägar går bara att passera med båt och ett dussintal skolor har stängt.
Vigicrues, myndigheten som övervakar och varnar för översvämningar i Frankrike, beskriver översvämningarna som "exceptionella".
Minst sju personer har skadats och 1 500 brandmän har satts in i regionen för att hjälpa till, skriver inrikesminister Gerald Darmanin på X, tidigare Twitter.
Röd varning kommer att gälla fram till onsdag kväll.
Även i norra Italien har flera vädervarningar utfärdats. I Ligurien kommer ett regionalt undantagstillstånd att utlysas, rapporterar Ansa.
Både Frankrike och Italien återhämtar sig fortfarande från stormen Ciaran, som drog fram över västra Europa förra veckan.