Det uppger åtminstone kommissionstalesmannen Balazs Ujvari för nyhetsbyrån AFP.
Domstolen har ålagt Polen att betala en halv miljon euro om dagen så länge som landet inte stoppar verksamheten vid en kolgruva nära gränsen mot Tjeckien, efter tjeckiska klagomål på hur gruvan fått förlängt tillstånd.
Några pengar har dock ännu inte betalats vilket nu leder till att EU-kommissionen börjar dra av böterna från andra utbetalningar till landet.
I själva gruvtvisten har samtidigt Polen och Tjeckien nått en intern uppgörelse, där Polen lovar att betala 45 miljoner euro till grannlandet.