Bland de som protesterar finns många ur landets ursprungsbefolkning.
I tisdags greps 37 personer. Dessutom skadades fem poliser, en journalist och minst en demonstrant vid protesterna.
– Regeringen har gjort bort sig och pressat upp bränslepriserna, säger Dennis Viteri, en 28-årig textilarbetare.
Han och flera andra har använt jord, trädstammar och brinnande däck för att spärra av en del av motorvägen nordöst om huvudstaden Quito.
President Guillermo Lasso uppmanar till dialog.
– I dessa tider av ekonomisk återhämtning är det dags att vara enade, sade han i ett tal på onsdagen.
Men presidenten sade samtidigt att säkerhetsstyrkor ska vara fortsatt utkommenderade på motorvägar för att säkerställa ordning.
Nyligen tillkännagav Lasso att bränslepriserna ska öka med tolv procent. Sedan förra året har priserna nästan fördubblats.
Att minska subventionerna på bränsle är ett sätt för landet att få ner sina utgifter i utbyte mot lån från Internationella valutafonden.