"I över 20 års tid har jag varit politiker på heltid, som borgmästare, folketingsmedlem och minister, och tiden har kommit för mig att göra en insats på andra områden", skriver han på Facebook.
54-årige Hækkerup, vars far och farfar båda var ministrar, har tidigare varit försvars-, handels-, Europa- och hälsominister.
Han hoppar nu helt av politiken och blir från juni chef för den danska bryggeriförerningen.
En av Hækkerups sista åtgärder som minister blev att i förra veckan skriva under ett omdiskuterat avtal om att Danmark ska hyra 300 fängelseplatser i Kosovo och ska skicka dit fångar som är dömda till utvisning. Folketinget har ännu inte godkänt avtalet.