Beslutet gäller i två veckor och gör det möjligt att ta in militär för att bistå polisen och hindrar befolkningens rätt att röra sig i samhället och samlas i grupp.
Nödläget meddelades på måndagen och gäller 40 samhällen i Biobíoregionen och 32 i La Araucanía. Båda regionerna har drabbats av våldsamheter, flera gånger utfärdade av radikala mapucheaktivister.
Beslutet att utfärda nödläge sägs av president Piñera vara för att skydda befolkningen, men tidpunkten som åtgärden togs – under den kontroversiella helgdagen som firar Christopher Columbus antåg till Amerika – har rört upp känslor bland ursprungsbefolkningar som koloniserades till följd av Columbus "upptäckt".
Mapuche-folkets protester har även pågått i huvudstaden Santiago, där en 43-årig kvinna nyligen dödades av en fyrverkeripjäs när demonstranterna drabbade samman med polisen.