EU:s domstol slog i somras fast att lagen bryter mot grundläggande EU-regler om fritt flöde av kapital, föreningsfrihet och skydd av personuppgifter.
I ett brev på torsdagen kräver nu EU-kommissionen åtgärder.
"Civila samhällsorganisationer är oumbärliga delar av våra demokratier. Vi måste stödja dem – inte bekämpa dem", säger EU:s värderings- och öppenhetskommissionär Vera Jourová i ett uttalande enligt nyhetsbyrån Reuters.
Den ungerska lagen kräver bland annat särskild registrering och namnrapportering för organisationer som får mer än motsvarande 15 000 kronor i stöd från utlandet.
Den väckte stor uppmärksamhet redan när den kom 2017 och anklagades då av opposition och kritiker för att vara ett sätt för den ungerska regeringen att ytterligare slå ner mot ungersk-amerikanske finansmannen George Soros, som sedan länge är i öppen fejd med de styrande i Budapest. Soros har länge stöttat flera icke-statliga organisationer i Ungern och även ett privat universitet, CEU.