Det meddelar presidentkansliet i N'Djamena.
Oppositionen kallar maktövertagandet "en kupp". Den uppmanar i ett uttalande befolkningen att inte lyda de beslut som tas i det militärråd som nu är tänkt att styra landet i 18 månader. Därefter har nyval utlovats.
Déby den äldre dog bara timmar efter det att han korats till valsegrare i det afrikanska landet.
Den 37-årige Mahamat Idriss Déby Itno är general i den tchadiska armén, och har varit chef för presidentgardet med ansvar för säkerheten kring fadern.
Armén har utlovat demokratiska val efter den 18 månader långa övergångsperioden. Samtidigt har utegångsförbud införts och gränserna stängdes tillfälligt på onsdagen.