Kinesiska tjänstemän sågs på fredagseftermiddagen bära ut säckar och kartonger med material innan de sista diplomaterna lämnade byggnaden. Ett hundratal demonstranter ska då ha stått utanför konsulatet och ropat slagord mot diplomaterna.
Polis spärrade sedan av området och amerikansk säkerhetspersonal sågs sedan klippa upp lås för att ta sig in i det då före detta konsulatet.
Beslutet att stänga konsulatet ska enligt USA:s utrikesdepartement ha fattats för att skydda immateriell egendom, såsom patent, varumärken och sådant som skyddas av upphovsrätt.
Den diplomatiska oenigheten har skapat oro bland annat på börser världen över.
Kina har svarat med att inte låta USA ha kvar sitt konsulat i Chengdu i sydvästra Kina. Där uppges medarbetare vid konsulatet göra som sina kinesiska kollegor i Houston och syntes under lördagen frakta bort dokument och andra tillhörigheter. Enligt nyhetsbyrån AFP har även alla amerikanska skyltar och emblem tagits bort från byggnaden.