Männen, som huvudsakligen tillhörde folkgrupperna fulani och peul, dödades troligen mellan november förra året och juni i år, enligt HRW:s rapport. Kroppar har hittats i högar längs vägar, under broar och i terräng i och kring staden Djibo. Många uppges ha haft ögonbindlar, bundna händer och skotthål i sina huvuden.
"Den information som finns pekar mot regeringens säkerhetsstyrkor, så det är avgörande att det sker opartiska utredningar, att bevis samlas in ordentligt och att familjer får information om vad som hänt deras nära och kära", säger Corinne Dufka, chef för HRW:s arbete i Sahelregionen, i rapporten.
Burkina Fasos försvarsminister Moumina Cheriff Sy gör gällande att jihadistgrupper kan ha utfört avrättningarna med stulen utrustning från armén. Han säger att saken kommer att utredas.
Den burkinska armén har flera gånger tidigare anklagats för – och lovat att utreda – utomrättsliga avrättningar under de senaste årens strider mot jihadistiska grupperingar som härjar i regionen. I HRW:s rapport citeras invånare i Djibo som befarar att de kan bli dödade såväl av soldater som av jihadister.