Torsdagens beslut från talmanskonferensen sker "som svar på hennes oförmåga att agera och hennes accepterande av de pågående brotten mot rohingyer i Myanmar", meddelas från parlamentet.
Som hyllad demokratiaktivist prisades Aung San Suu Kyi med Sacharov-priset för tankefrihet år 1990. På senare år har hon dock kraftigt ifrågasatts på grund av sin nuvarande roll i landets statsledning.
Sacharov-priset är EU:s tyngsta utmärkelse och utdelas årligen av parlamentets gruppledare. I fjol gick priset till den ukrainske filmregissören Oleg Sentsov, som länge satt fängslad i Ryssland, anklagad för att förberett terrordåd. I år är i sin tur den belarusiska oppositionen storfavorit. Vilka som nomineras och slutligen får priset avgörs senare under hösten.