Ett 20-tal personer ingick i ligan som utförde bankrånen, där vägar spärrades av med brinnande fordon och bomber placerades ut runt om i staden för att förhindra polisinsatser. Ett tiotal fordon användes vid bankrånen.
Ett dödsoffer sköts ihjäl när ligan upptäckte att han filmade rånet. En cyklist skadades svårt när en bomb exploderade.
En av de döda tros ha tillhört det kriminella gänget.
Ligan tog dessutom flera personer som gisslan, minst en av dem bands fast på taket av en flyktbil.
Sent på måndagen var de flesta gärningsmännen på fortsatt fri fot. Skolor hölls helt stängda, och invånare uppmanades att inte gå ut. Ett tiotal bomber fanns fortfarande utplacerade i Araçatuba, enligt militärpolisen Alexandre Guedes.