Invånare berättar för lokala medier att de döda bär spår av tortyr.
– De låg slängda på varandra. Det var helt klart en massaker, säger en lokalbo till Globo.
Kropparna påträffades i ett träskområde nära slumkvarteren Salgueiro efter en veckolång polisinsats i staden. Insatsen inleddes efter att en polis dödats under en patrull.
Rios militärpolis har inte kommenterat anklagelserna om tortyr men bekräftar i ett uttalande att ett antal döda människor har hittats. Enligt uttalandet är man på plats för att stabilisera regionen och bekämpa våldsamma drognätverk.
São Gonçalo är en del av Rios storstadsområde och ligger i en fattig och våldsam del av landet.