Det uppger den amerikanska medborgarrättsrörelsen ACLU med hänvisning till domstolshandlingar.
Två tredjedelar av föräldrarna tros enligt CNN ha blivit deporterade.
Migrantfamiljerna skiljdes 2018 åt av amerikansk gränspolis för att hållas i förvar medan rättsväsendet tog ställning till deras asylansökan.
Beslutet att splittra familjerna var en del av president Donald Trumps nolltolerans mot illegal invandring men möttes av hård kritik och myndigheterna slutade efter sex veckor att sära barn och föräldrar.
Gränspolisen uppgav då att 2 300 barn skiljts från föräldrar. Ett drygt år senare, i juli 2019, hade enligt ACLU ytterligare 900 barn skiljts från sina föräldrar och satts i förvar.