För två månader sedan lämnade fartyget "Karim Allah" Cartagena i södra Spanien för att leverera boskapen till Turkiet. Men myndigheterna där stoppade importen av rädsla för blåtunga, en insektsburen virussjukdom som drabbar idisslare.
Flera andra länder avvisade det Libanonregistrerade fartyget som blivit en internationell paria till sjöss.
I torsdags återvände fartyget till Cartagena. Enligt en icke offentlig veterinärrapport som Reuters tagit del av har korna farit illa av den långa resan och bör avlivas. I rapporten finns inga uppgifter om blåtunga.
Enligt djurrättsgrupper hölls korna under helvetiska förhållanden ombord.
Jordbruksdepartementet anser i ett uttalande på lördagen att djuren bör isoleras och avlivas i enlighet med regelverket.