Den 15-årige prinsen uppges ha blivit smittad på sin skola.
Prins Christian är äldste son till kronprins Frederik och kronprinsessan Mary och har plats nummer två i den danska tronföljden.
Kronprinsparet uppmärksammades enligt uttalandet på ett smittoutbrott på den skola i Hellerup, norr om Köpenhamn, där prins Christian går. Han blev kort därpå testad. Utöver kronprinsfamiljen ska prinsen inte ha haft någon kontakt med några andra medlemmar i den danska kungliga familjen.
Hela kronprinsfamiljen har nu isolerat sig i sin bostad i det kungliga residenset Amalienborg i Köpenhamn.