Informations- och kulturavdelningen i provinsen Dakhshan säger att beslutet beror på att stationen brutit mot "lagar och regler".
Radiostationen Sadai Banowan, vilket betyder Kvinnans röst på dari, drivs främst av kvinnor. Stationen grundades för tio år sedan.
Stationens chef Najia Sorosh är förvånad över beslutet.
– Talibanerna säger att vi har spelat musik. Vi har inte sänt musik av något slag under ramadan, säger hon till nyhetsbyrån AP.
Tillslaget mot stationen gjordes på torsdagen, då representanter för talibanerna handgripligen avbröt utsändningarna.
En stor del av Afghanistans oberoende journalister har tvingats lämna sina jobb eller flytt efter talibanernas maktövertagande, enligt en oberoende journalistorganisation i landet.
Flickor och kvinnor förbjuds att delta i undervisning i Afghanistan från motsvarande sjätteklass och upp till universitetsnivå.