Sjukhuset tog emot 20 patienter efter attacken.
"Två var redan döda när de anlände", twittrar organisationen.
Enligt en talesperson för talibanstyrets inrikesdepartement inträffade explosionen i en moské där besökare och en del departementsanställda ber.
Han ger inga officiella uppgifter om dödsfall, eller hur långt det är mellan moskén och inrikesdepartementet, men uppger att händelsen utreds.
I fredags dödades enligt FN 53 människor, många av dem flickor och unga kvinnor, i ett självmordsdåd i ett klassrum i Kabul. Enligt talibanstyret dödades 25 personer. Ingen grupp har tagit på sig den attacken.