Olyckan, som skedde mellan Stuvsta och Huddinge, ska ha orsakat stora skador på spåren - och enligt den preliminära informationen kan reparationsarbetet ta upp till en vecka.
På tisdagsmorgonen varnade Trafikverket resande från och till följande stationer för störningar.
Aneby
Boxholm
Stockholm C
Flemingsberg
Flen
Gnesta
Huddinge
Järna
Katrineholm C
Kimstad
Kolmården
Linghem
Linköping C
Mantorp
Mjölby
Mölnbo
Nässjö C
Nyköping C
Norrköping C
Stockholm Södra
Södertälje Syd
Tranås
Vagnhärad
Vikingstad
Årstaberg
Älvsjö