Jordbruksverket har upprättat restriktionsområden på tio kilometer runt den drabbade gården som ligger i Linköpings kommun.
Då och då drabbas Sverige av sjukdomen som sprids mellan fjäderfän.
– Det här är det största utbrott vi har haft av fågelinfluensa i Sverige den här säsongen och det är inte läge att slappna av ännu. Det är oerhört viktigt att fortsatt skydda sina fåglar, säger Håkan Henrikson, chefsveterinär på Jordbruksverket i ett pressmeddelande från Länsstyrelsen Östergötland.
Fågelinfluensan upptäcktes på gården som vid tillfället hade 14 000 ekologiska slaktkycklingar. Proven gjordes av Statens veterinärmedicinska anstalt (SVA).
Det pågående utbrottet i Europa anses vara mycket omfattande bland såväl vilda djur som tamfåglar.
Vilda fåglar bär på sjukdomen och när smittan introducerats till tamfjäderfä kan spridning också ske mellan anläggningar. Förutom i Östergötland har även en gård i skånska Skurup drabbats. Där handlade det om 470 fasaner.
De aktuella byggnaderna behöver saneras och Jordbruksverket har även beslutat om spärrförklaring, vilket innebär att inga djur eller djurprodukter får lämna anläggningarna utan verkets tillstånd.
– Vi hittar fortsatt positiva fall bland vilda fåglar och fallen på tamfjäderfän i Östergötland och Västergötland visar att smitta förekommer i områden där vi ännu inte hittat fall på vilda fåglar. Fåglarnas vårflytt är på gång och det kommer att innebära fortsatt hög smittrisk, säger Maria Nöremark, tillförordnad biträdande statsepizootolog.