Prästen häktades i torsdags vid Uppsala tingsrätt, på sannolika skäl misstänkt, den högre misstankegraden, för våldtäkt mot barn.
Det misstänkta brottet ska ha begåtts under perioden september 2013 till och med maj 2014 i Uppsala eller annan del av landet.
Innan han började som ungdomspräst i Uppsala stift arbetade han i en församling i Norrköping.
– Det här har förstås skakat oss allihop, säger kyrkoherden i församlingen i Norrköping.
I dagsläget finns det dock inget som tyder på att den häktade prästen har gjort något liknande i Norrköping.
– Vi har i alla fall inga indikationer på det, säger kyrkoherden och tillägger: Skulle vi misstänka något så kommer vi förstås polisanmäla direkt.
Enligt kyrkoherden kommer man att vara extra vaksam nu.
– Det är oerhört viktigt att alla barn och unga som kommer till oss känner sig trygga och säkra.
Han betonar också att församlingen kommer att se över rekryteringen och den egna verksamheten.
– Vi kan ju aldrig skydda oss helt mot att människor begår övergrepp men det är ändå viktigt att vi har de allra bästa rutinerna vid en rekrytering, fortsätter kyrkoherden.
Även kyrkoherden i den församling i Uppsala där prästen arbetar var i förra veckan chockad över avslöjandet.
– Det är för djävligt, det kom som en blixt från en klar himmel. Jag har inte känt till något om detta. Han är präst här precis som jag. Han är hur bra som helst, gör fina gudstjänster och är väldigt omtyckt. Det här är oerhört jobbigt ska du veta, sa han till TT.
Den misstänkte har ett särskilt ansvar för konfirmander och äldre ungdomar.
– Det är utomordentligt allvarligt att en präst blir häktad på sannolika skäl misstänkt för våldtäkt på barn. Jag har aldrig hört talas om något liknande, sa Ragnar Persenius, biskop i Uppsala stift till TT och fortsatte:
– Normalt gör vi en noggrann lämplighetsprövning när någon blir präst och det har inte funnits några indikationer på sådan här problematik.
Ett åtal planeras, enligt P4 Uppland, redan i slutet av nästa vecka.
– Ofta drar utredningar om grova brott ut på tiden, men i det här fallet finns till exempel ingen teknisk bevisning som ska hämtas in och bearbetas, säger prästens advokat Roger Häggquist till radion.