I stämningsansökan framgår det att männen ska ha tagit mot presentkort från ett externt företag som bland annat arrangerar kurser för anställda på Sjöfartsverket.
En ur personalen ska tagit mot presentkort vid tre tillfällen med ett sammanlagt värde på 11 000 kronor.
Till Norrköpings tidningar säger en av de åtalade som fortfarande jobbar kvar på Sjöfartsverket att han förnekar brott.
– Vi gick en kurs där vi fick presentkort på tekniksaker som användes för att köpa in saker som behövdes i arbetet. Det har aldrig varit något systematiskt eller uppsåtligt.
Chefsåklagare Alf Johansson vid Riksenheten mot korruption menar dock att det rör sig om tagande av muta, även om presentkorten använts för inköp inom verksamheten.
– Det är inte på ett sådant sätt som en myndighet ska bedriva sin verksamhet.
– Oavsett om man förstår eller inte så är det straffbart på samma sätt som att stöld är brottsligt oavsett om man vet om det eller inte, säger han.
Sjöfartsverket vill inte kommentera det specifika fallet ännu eftersom de inte fått ta del av åtalet men säger såhär till NT under onsdagsförmiddagen.
– Det vi kan säga i nuläget är att vi som statlig myndighet aktivt jobbar med att motverka försök till korruption på flera olika sätt, men vi vill se underlaget för åtalet innan vi kan säga något om just det här, säger Elin Lindahl, kommunikatör på Sjöfartsverket.