Regeringens beslut kommer efter en begäran från universitetet då Arjeplogs sameförening i sin tur har krävt repatriering av kvarlevorna. Skelettet förvaras i dag på universitetsmuseet Gustavianum.
Universitetet har tidigare uppgett att personen avtjänade ett livstidsstraff på ett fängelse i Stockholm och var kyrkskriven i Arjeplog.
"Det var i äldre tid inte ovanligt att kroppar från personer som avlidit i fängelse överlämnades till universitetens medicinska utbildning och forskning", skrev Uppsala universitet i ett pressmeddelande i november i fjol.
Tidigare i år återlämnades kvarlevor på liknande sätt från Lunds universitet.
Den mest omfattande repatrieringen av samiska kvarlevor i Sverige genomfördes i augusti 2019 då kvarlevor från 25 individer återfördes till gamla kyrk- och marknadsplatsen Gammplatsen i Lycksele i södra Lappland. De återlämnades från Västerbottens museum, som i sin tur hade fått kvarlevorna från Historiska museet i Stockholm.